The Boys se déroule dans un univers uchronique où des personnages surpuissants sont reconnus comme des super-héros par le grand public et travaillent pour la puissante société Vought International, qui s'occupe de leur promotion et de leur commercialisation. Bien loin de leur apparence héroïque, la plupart d'entre-eux sont corrompus et arrogants, voire de dangereux psychopathes. La série se concentre sur deux groupes: les Sept, la première équipe de super-héros de Vought, et les Boys éponymes, des justiciers cherchant à faire tomber Vought et ses super-héros corrompus. Les Boys sont dirigés par Billy Butcher, qui méprise tous les super-héros (qu'il appelle Supes ) et les Sept sont dirigés par le Protecteur (Homelander), un psychopathe narcissique et violent. Au début de la série, les Boys sont rejoints par Hughie Campbell après que le membre des Sept A-Train ait accidentellement tué sa petite amie Robin, tandis que les Sept sont rejoints par Annie January (Starlight/Stella), une jeune héroïne pleine d'espoir et qui va devoir de faire face à la terrible vérité sur ceux qu'elle admire tant. Les autres membres des Sept sont la reine désillusionnée Maeve, le toxicomane A-Train, le déséquilibré homme-poisson (The Deep), le mystérieux Black Noir et la suprémaciste Stormfront, non présente dans la première saison, mais personnage central de la suivante. Les Boys sont complétés par le tacticien La Crème (Mother's Milk), le spécialiste des armes Serge dit Le Français/Frenchie et Kimiko, la Fille (the Female) à qui on a injecté contre son gré le "Composé V" qui donne tous leurs pouvoirs aux Super-héros. Madelyn Stillwell, cadre de Vought, supervise les Sept, puis le Protecteur l'assassine et la publiciste Ashley Barrett lui succède. La première saison décrit le conflit entre les Boys et les Sept, motivé par Butcher, pensant que le Protecteur a causé la disparition de sa femme Becca. Alors que le Protecteur et Stillwell conspirent afin d'obtenir le soutien du gouvernement pour les super-héros, les Boys tentent de les arrêter en découvrant les secrets inavouables de Vought. Hughie et Annie/Stella brouillent le conflit en tombant amoureux l'un de l'autre et en entamant une relation intime, malgré la méfiance de Butcher à leur égard. Dans la deuxième saison, les Boys poursuivent leurs efforts pour vaincre Vought, aidés par Stella. Ils sont devenus des fugitifs recherchés par le gouvernement. Butcher apprend que Vought retient Becca en captivité avec un fils surpuissant dont le père n'est autre que le Protecteur, qui l'a violée. Alors que Butcher tente de sauver sa femme, Stormfront dont le passé nazi est révélé, promeut son message de suprématie blanche auprès des Sept et du public, cherchant à faire en sorte que le Protecteur conduise les super-héros à la domination mondiale.